Les zones marines protégées servent trois objectifs principaux :

• la conservation de la biodiversité marine ;
• le maintien de la productivité des écosystèmes côtiers ;
• et la contribution au développement socio-économique et au bien-être des communautés humaines.

La création d'aires protégées marines peut aider à contrer les menaces des écosystèmes sensibles tels que les récifs coralliens et les mangroves, de la pollution et les méthodes de pêche destructrices.

Autre point important, l'existence d’aires marines protégées constitue un laboratoire naturel pour tester l'efficacité des différentes approches de gestion de la biodiversité.

Les techniques de conservation de la biodiversité marine ont évolué au fil des ans, allant de la gestion des activités individuelles (par exemple la gestion de la pêche) à la gestion des zones à usages multiples dans les zones protégées.

Une zone peut-être désignée comme aire marine protégée en raison des fonctions que cette AMP peut apporter à la conservation de l'habitat, la conservation d'espèces ou de la gestion des ressources.

D'autres fonctions comprennent la recherche, l'éducation et le tourisme.
Sur la base de la gestion des objectifs et des critères pour la protection et l'exploitation, l'Union mondiale pour la nature (UICN) a proposé six catégories d'aires marines protégées. Chacune de ces catégories ont une structure juridique propre en accord avec les lois nationales et peuvent avoir leurs propres exigences en matière de gestion.